С момента обретения независимости Кыргызской Республики возникла необходимость в реформировании судебной системы. Конституция страны закрепляет принцип разделения властей, предполагающий независимость судебной власти от исполнительной.
В 1994 году был создан Судебный администрация при Совете судей, которому передали функции материально-технического обеспечения судов, ранее находившиеся в ведении Министерства юстиции. В 1996 году эта структура была преобразована в Судебный департамент, что позволило более эффективно организовать работу местных судов.
С течением времени, в целях улучшения управления и повышения эффективности работы судебной системы, Судебный департамент был переведен в подчинение Министерства юстиции. Однако это создало зависимость судов от исполнительной власти, что не соответствовало принципам разделения властей.
В 2001 году функции материально-технического обеспечения высших судов были переданы Управлению делами Президента, что также не решило проблему независимости. В 2008 году Судебный департамент был выведен из подчинения Министерства юстиции и стал самостоятельным органом, что стало важным шагом к созданию независимой судебной системы.
С 2011 года Судебный департамент находится в ведении Верховного суда, продолжая выполнять свои функции по обеспечению работы местных судов и исполнению судебных актов. В 2016 году был принят закон о судебных приставах, который способствовал улучшению охраны судов и участников судебного процесса. В 2017 году была утверждена структура Службы судебных приставов, что укрепило систему исполнения судебных решений и повысило уровень безопасности в судах.
